L'origine del toponimo "Saonara" è controversa: per alcuni studiosi sarebbe da collegarsi ad una particolarità geomorfologica del territorio, all'esistenza, cioè, di quel particolare tipo di terreno argilloso chiamato dai latini SAPO, termine da cui sarebbero derivati Saponaria, Savonaria, Sabonaria, antiche denominazioni locali attestate nei documenti; altri propendono per collegare il nome di Saonara alla "Saponaria officinalis", le cui radici contengono una sostanza che, a contatto con l'acqua, produce schiuma: questa pianta cresce spontanea nel territorio ed è apprezzata da secoli per la particolarità descritta.
Anche il toponimo dell'unica frazione di Saonara, Villatora, sembra essere di origine latina (attestato come Villa Taura, dovrebbe fare allusione alla presenza in loco di allevamenti bovini), e lo stesso discorso vale per i nomi delle località: questa situazione è una sicura, ulteriore conferma della frequentazione del territorio in età romana.

Situazione Idrografica
Diversamente da oggi, durante l'antichità il territorio era bagnato dalle acque del Medoacus Minor, ramo dell'attuale Brenta: una parte delle acque di questo fiume confluivano nel Cornio o Fiumicello, fiume di una certa importanza, sicuramente navigabile. Questa abbondanza di acque non perfettamente incanalate fu causa nei secoli di disastrose inondazioni, che poterono essere scongiurate solo con la creazione del Canale Cunetta (1856).
Oggi le acque del Brenta scorrono a circa 6 km. di distanza ed il Fiumicello ha ridotto di molto la sua portata.

La storia
Saonara nacque probabilmente in epoca romana anche se è quasi certa la preesistenza in loco di popolazioni preistoriche, data anche la vicinanza con Padova, città abitata fin da epoca antichissima. Il territorio di Saonara, fertile e ricco di acque, era ideale per l'agricoltura e l'allevamento; con l'arrivo dei romani migliorarono i collegamenti per via terra grazie alla creazione di una rete viaria in grado di unire le maggiori città dell'impero, con grande vantaggio per spostamenti, traffici e commerci.

Il territorio comunale, compreso nella colonia rurale di Piove di Sacco (o Saccisica), interamente "graticolato" (suddiviso, cioè, in lotti uguali assegnati ai veterani dell'esercito romano), era attraversato dalla via Annia Altinate, che andava da Padova ad Altino; al periodo romano risalgono numerosi reperti rinvenuti, a quel che sappiamo a partire dalla fine del Settecento, in varie località: sepolcreti, un cippo miliare e materiale vario (monete, cocci, anfore ..).

Le invasioni barbariche, le distruzioni perpetrate dagli Unni e la conquista longobarda a seguito del crollo dell'impero romano, furono drammatiche realtà anche per gli abitanti di Saonara; la notevole perdita di potere della città di Padova fu l'occasione per vicentini e trevigiani di ampliare il proprio territorio e la Saccisica passò sotto Treviso.

All'inizio del IX secolo il nuovo governo imperiale imposto da Carlo Magno comprese anche la Saccisica, che rimase contea carolingia fino all'elezione a re d'Italia di Berengario, duca del Friuli. Berengario, desiderando l'appoggio del vescovado padovano, concesse beni e terre al Vescovo di Padova, compresa la Saccisica, che rimase alle sue dirette dipendenze anche in seguito. Il primo documento che menziona Saonara risale al 1080 ed è appunto la conferma della proprietà della Saccisica ad Olderico, vescovo di Padova; più tardi è elencata in una nuova conferma dei diritti vescovili sulle terre della parte orientale della contea: questo secondo documento risale al XII secolo, quando già a Saonara dovevano esistere il monastero delle "muneghete" e le cappelle di Saonara e Villatora, rispettivamente dipendenti dalla pieve di Sant'Angelo di Sacco e di Santa Maria di Sarmazza, sicuro indizio dell'esistenza di altrettanti villaggi.
La Contea di Sacco fu tolta ai vescovi di Padova dall'imperatore Federico Barbarossa, che però li reintegrò ben presto negli antichi diritti; dopo alcuni decenni, però, fu conquistata da Ezzelino, vicario imperiale noto per la sua crudeltà e le sue efferatezze, divenuto dominatore di Padova e dell'intero territorio. La signoria ezzeliniana si concluse dopo diciannove anni: Padova, riconquistata, ritornò sotto il governo podestarile aggregando al proprio dominio anche Piove, la Saccisica e di conseguenza Saonara, che seguì da quel momento, in guerra ed in pace, i destini della potentissima vicina.

Dopo un primo, felice periodo di governo repubblicano, Padova cominciò una lunga sequela di lotte con i suoi potenti vicini (i Della Scala, i Carraresi) e per combattere gli uni finì col mettersi nelle mani degli altri: dell'incerta situazione si avvantaggiò la Repubblica di Venezia, che riuscì infine a sottomettere la città ed il suo intero territorio.

I secoli didominio pressoché incontrastato della Serenissima furono positivi per la popolazione, che riebbe la pace e con essa la possibilità di lavorare e sopravvivere senza il costante timore di eccidi, incendi e distruzioni. Se si eccettua il passaggio delle truppe della Lega di Cambrai, le preoccupazioni degli abitanti si incentrarono sulle - frequenti - catastrofi naturali e sulle purtroppo ricorrenti epidemie.
Gli investimenti nell'entroterra attuati dal patriziato veneziano non modificarono molto il tenore di vita dei saonaresi, anche se i nuovi proprietari terrieri seguivano personalmente l'andamento della proprietà trascorrendo lunghi soggiorni nelle belle ville che avevano fatto costruire.

L'arrivo di Napoleone sconvolse l'equilibrio mantenutosi per un così lungo tempo: la cessione all'Austria ed il successivo ritorno dei Francesi diedero nuovi indirizzi, una nuova regolamentazione e nuovi ordinamenti (come la soppressione degli ordini religiosi) che pesarono sulla realtà locale ma ebbero, comunque, breve durata. Tornati ancora gli austriaci, furono iniziate quelle importanti opere di bonifica necessarie in un territorio così tormentato da inondazioni ed alluvioni.

Con l'Unità d'Italia il nuovo governo cercò di affrontare i problemi più importanti, tra i quali quello dell'istruzione scolastica.
Le due guerre mondiali, con il loro strascico di morti e distruzioni, caratterizzarono la storia di Saonara in questo secolo: fra i tanti avvenimenti drammatici ricordiamo l'eccidio di trentaquattro civili, fra cui un bambino di quattro anni, perpetrato dai soldati tedeschi la sera del 28 aprile 1945.

Anche Saonara ha partecipato alle trasformazioni economiche avvenute nel secondo dopoguerra perdendo il suo carattere esclusivamente agricolo per diventare un'area fortemente industrializzata legata alla città di Padova.