La prima persona che s’interessò della storia di Pernumia fu il rev. Prof. Don Giovanni Pietro Masieri,arciprete di Pernumia nella seconda metà del settecento (1764-1806); esso ipotizzò un’infiltrazione greca in seguito al ritrovamento dii una statua di pietra di Custozza in località Masola e poco distante il rinvenimento di tombe risalenti al V secolo a.C., contenenti coppe e vasi in terracotta, resti di cinture e fibule in bronzo. Si presume che la possibilità del ritrovamento di questo sito sia dovuto alla formazione di un isolotto emergente dalle paludi, diffuse in queste zone. (Presso il lago di Arquà furono trovate tracce di palafitte e nella zona Atestina le ricchissime necropoli). Plinio cita il canale “Vighenzone” (che all’origine era “Vigisono”) come il canale che raccoglieva le acque che scendevano dal M. Ricco e dalla Rocca di Monselice e arrivavano a Pernumia in 2 rami: l’odierno Bagnarolo e il canale della Rivella.

Dietro la chiesa di S. Giustina un ramo del corso d’acqua, descrivendo un ampio angolo, proseguiva il corso verso S. Pietro Viminario, poi girava a sinistra attraversando le contrade sabbiose della Trinità e S. Fidenzio per riunirsi, a Maseralino, col ramo principale che scendeva dall’Acquanera. Le mura delle più vecchie costruzioni pernumiane sono formate da diversi materiali: dal mattone allungato e piatto dell’epoca romana, al cubo di trachite ben scappellato, ai massi di granito, al porfido, alla pietra di Custozza, tutto ben miscelato e confuso nelle fondamenta e nei muri. L’importanza di Pernumia si deduce anche dal fatto che, nonostante i numerosi saccheggi e distruzioni, non soccombette mai alle invasioni barbariche, continuando così a svilupparsi e raggiungere il suo massimo splendore nel XIII secolo.

Fino al XIII secolo Pernumia andava arricchendosi di costruzioni, hiese e monasteri ed ospitali.La Pieve di S. Giustina di Pernumia venne beneficata di molti proventi: case, terreni e decime tratte dal vasto circondario che il paese comprendeva: Reoso, Vanzo, Maseralino, Cartura, Gorgo, Gazzo. Con tutte queste rendite si costituì a Pernumia un collegio con un Arciprete e altri canonici. Nel 971, il vescovo di Padova, donò dei terreni di Pernumia al monastero di S. Giustina di Padova e ciò diede origine a continue lotte tra canonici, che si protrassero fino al risorgimento. Nel 1236 il castello di Pernumia e le sue mura furono rase al suolo da Ezzelino che a sua volta assediava pure Monselice. Nel 1267, le mura sono state parzialmente riedificate e gli abitanti di Pernumia si dedicarono con tutte le forze alla ricostruzione, grazie anche allo sviluppo dell’artigianato e dellsa bonificazione.

Lo statuto trecentesco di Pernumia è custodita dalla biblioteca Capitolare di Padova e descrive nei particolari i salari, le mansioni dei pubblici ufficiali, le multe dei ladri, per chi era addetto agli argini del Comune e regole per tutti gli artigiani e contadini. Leggi speciali che regolavano i pubblici esercizi e anche chi assisteva l’ufficio del coro di S. Giustina.

I nomi delle persona, allora in vita, erano registrati in questo codice, manifestano la notevole infiltrazione longobarda e germanica, oltre allo stile prettamente latino (Albericus, Arnuflus, Guelminus).

Le leggi che regolavano l’amministrazione comunale, la gerarchia, la vita pubblica nei singoli casi di vita quotidiana erano molteplici, molto di più di quelle odierne e costituivano una garanzia reciproca fra i cittadini che vivevano in tempi di lotte, fazioni e vendette. Notevoli sono i reperti archeologici giunti fino a noi (chiesa della Cintura), fra questi un altare in mosaico del ’500 trasportato dall’abbattuto monastero di “Rovina” e uno splendido bassorilievo di Bonazza raffigurante S. Vincenzo. Antichissimo era anche lo scomparso Ospitale della Trinità, dove annessa, aveva l’attuale Cappella, inalterata è rimasta l’abside con la nicchia della fine del ’400. Non meno importante era l’Ospitale Ca’ di Dio, (Casa del Capitano) a fianco della Chiesa di S. Giustina, dotata di Cappella dedicata alla B. Vergine del Rosario, esso serviva da ricovero per i Pellegrini che andavano in Terra Santa, poi adibito ad asilo per i trovatelli e parte anche l’allora palazzo Comunale.

La zona dell’Ospitale Ca’ di Dio formava il nucleo dell’antico “Castrum” delimitato a Ovest dal fiume Vighenzone, a Est dal “Fiumicello” a Nord da “canaletta Villa del Conte”. Dopo la distruzione di Ezzelino (1236) si ipotizza il confine settentrionale alla “Vallarea”. Qui si trovava un antico fabbricato abitato dalla famiglia Beolco nel XVI secolo. Vecchi fabbricati esistevano in “Borgo dee Rane”, via Savellon (Savellonis o Paludis balnei) e in zona Campagna. In seguito a rigorose leggi comunali la bonificazione fu estesa alla zona a destra del Vighenzone, prima di arrivare ai “Mulini” in strada Rivella fino al ponte della Malora (pons Maioris) ove si estendeva la Palude Maggiore.

Più a nord in zona “Campagna e Ca’ Battaglia” esistevano ville cinquecentesche, che, dopo un esame al sottosuolo, rivelarono un’origine di molto anteriore. Infatti, recenti scavi, in territorio Bertin, a Ca’ Battaglia, hanno visto la luce porcellane cinquecentesche, ceramiche quattrocentesche e in maggior profondità, cocci e terracotte giudicati preistorici! Curioso e interessante sarebbe verificare se esistono ancora le vie sotterranee che collegano ville in zona Campagna (Pippa) - Ca’ Battaglia (Bertin) - Cornoledo (Simonetto) - Trinità (Baraldo) usate nel medioevo per difendersi dalle scorrerie degli Ungheri. Dai frammenti di pietre usate nella costruzione in via Cornoledo si deduce che la filanda (con il suo pozzo incastrato, fosse il più vecchio e il più bello del paese) risalisse al 1400. In via Trinità si trovava il “Forno della Cenere” che serviva, fin dal medioevo, per la “ricotta della cenere” e la preparazione dei colori. Il quartiere Rovina comprendeva le contrade Bragaleo, Ca’ Ospedale, parte della Stortola, Mortise (o Isola di Pernumia) nella quale si rinvennero parecchie ossa umane e scheletri interi. Sul retro del cimitero sorgeva il Monastero delle Vergini di S. Maria Mater Domini, come attestano varie reliquie trovate in zona.

Nelle vecchie frazioni di Pernumia, a Vanzo, invece sorgeva un convento di religiosi, così come ce n’era un altro a San Pietro Viminario. Il paese di S. Pietro fu chiamato “Viminario” anche in seguito al passaggio di S. Francesco che qui edificò un monastero con i vimini. Documenti antecedenti, però testimoniano la presenza di un altro convento, esistente sempre in questo villaggio, con lo stesso nome “Viminario”, che derivava dalla folta vegetazione di vimini che sorgevano spontanei in zona.

Questo convento si conservò fino al 1789, ma già nel 1777 si rese indipendente e il Cappellano non doveva più dipendere dall’Arciprete di Pernumia. Da ricordare, in seguito all’interramento di questa parte del fiume, lo scomparso tempio di S. Fidenzio, costruito nel XI secolo presso la medesima contrada, a ricordo del passaggio del corpo del Santo, morto a Polverara e trasportato (tramite il Vighenzone) a Megliadino S. Fidenzio.

Nel 1300 dopo meno di un secolo dalla distruzione di Ezzelino, Nicolò da Carrara invase Pernumia con 200 cavalli e la devastò col fuoco. Negli anni a seguire, il nostro paese fu bersaglio di invasioni ed incendi, seguiti da epidemie e lotte contro l’episcopato di Padova che i canonici accendevano per la comunione d’interesse. Già nel 1500 la chiesa Arcipretale di Pernumia aveva 6 filiali: Battaglia, Cartura, Cagnola, Carrara San Giorgio e Terradura, successivamente anche S. Pietro Viminario, queste gradualmente, si smembrarono a beneficio dei canonici di Padova. Ma la causa principale della decadenza di Pernumia fu la costruzione del Canale di Battaglia (1189) perchè il tratto del Vighenzone che attraversava Pernumia, perse la sua importanza, poichè la navigazione fu spostata tutta sul Canale della Battaglia. Fu così che nel XVII secolo Pernumia faceva parte del Vicariato di Conselve assieme a Reoso, Vanzo, Maseralino e Motta di Pernumia, con il nome “I cinque comuni di Pernumia”.

In seguito, dopo un Risorgimento glorioso e le varie ripartizioni politico-amministrative, Pernumia cominciò a crescere rapidamente, cosi nel 1862 la popolazione era di 2387 abitanti, nel 1884 di 2790, ab., nel 1921 di 3857 ab., (quasi come oggi!).