II nome di Merlara (o di Merlarla) può derivare da un cognome latino che ne indicava il possesso. La scoperta di un ripostiglio di bronzi e sepolcreto nel 1931 avvalora la tesi di terreni abitati in epoca preromana.

Nei paraggi del Castellaro doveva sorgere il primitivo Villaggio e solo nel XV secolo, quando quei luoghi divennero paludi causa la derivazione dell’Adige, il centro fu portato nel luogo attuale. Per quanto concerne la storia del primitivo cristianesimo a Merlara, poco sappiamo fino all’epoca carolingio-ottaviana, alla quale sembra riferirsi la notizia di una donazione da parte di Almenico, marchese di Toscana e signore dei villaggi della Scodosia, al monastero della Vangadizza, di una casa et corte dominicata, con castello et ecclesia ..., iul dicitum Merlaria ....

Nel 1001 tutti i beni delle nostre zone seguirono le sorti della Casa d’Este, fino ai domini di Francesco da Carrara e quindi della Repubblica Veneta (metà del XV secolo).

Molti beni di Merlara furono dati alla nobile famiglia Barbarigo, la quale vi eresse un ricco e sontuoso palazzo, cinto da un lato da alta muraglia e per il rimanente da un largo fossato che riceveva l’acqua dal Fratta.
Verso la metà del XIX secolo i beni di Merlara passano dalle mani dei Barbarigo in quelle dei Giustiniani, dei Venier e dei Da Zara, ebrei di Padova. I Da Zara vendettero tutti i loro beni, compresa la Villa, tra il 1952 e il 1966.