Secondo alcuni studiosi il toponimo deriverebbe da “storta”, ‘curva’, con riferimento al corso del fiume Brenta; per altri, invece, avrebbe origine da un aggettivo o da un soprannome significante ‘grugno’. Molto è rimasto delle vicende storiche che la riguardano: in epoca medioevale fu devastata e saccheggiata dai padovani e dai vicentini in lotta tra di loro, e in seguito divenne proprietà di Ezzelino III, detto il Tiranno. Dopo il dominio degli Ezzelini, conclusosi verso la metà del XIII secolo, la sua storia fu uguale a quella di Padova e Cittadella: nel Quattrocento passò sotto il governo della repubblica di Venezia, che assicurò all’abitato un lungo periodo di pace, interrotto solo da brevi guerre e da calamità naturali o epidemiche. Subì, quindi, le frequenti razzie e scorrerie dell’esercito napoleonico prima e di quello austriaco dopo, terminate con la sua annessione al regno Lombardo-Veneto nel 1815.

Infine, nel 1866, passò al regno d’Italia, grazie anche al contributo armato di molti suoi cittadini. Tra i personaggi che nacquero in questo luogo e acquistarono una certa notorietà, è da ricordare un tal Giovanni Maria Zecchinelli, che diventò un famoso medico. L’elemento di maggior spicco nel patrimonio storico appartiene all’architettura sacra: la parrocchiale secentesca, dedicata a S. Biagio, mostra all’interno pregevoli affreschi ispirati alla vita del Santo.è passata, negli ultimi anni, da un’economia agricola a un’economia basata su una rilevante attività industriale; attualmente l’agricoltura è solo un fenomeno di occupazione secondaria.

La carenza di documentazione ha costretto gli storici desiderosi di ricostruire il passato di Grantorto a lunghe e laboriose ricerche. Dalla toponomastica si risale, ad esempio, all'origine del nome del Comune, variamente di ipotizzare la nascita di un abitato a partire da uno stanziamento di popolazioni germaniche giunte qui in periodo altomedievale. I reperti archeologici rinvenuti nel territorio confermano la presenza dell'uomo sia in età preromana (resti di piroghe, tombe paleovenete,  cippo gromatico) che romana, quando gran parte della pianura veneta e sicuramente l'intera area attraversata dal Medoacus (Brenta) era suddivisa in lotti coltivabili prevalentemente assegnati come premio ai veterani dell'esercito (centuriazione). All'età romana risale anche la costruzione di una fitta rete di collegamenti: Grantorto, in particolare, era interessata dalla "via dell'Arzer", nel tratto in cui questa univa la Montà di Padova a Carturo.

Al crollo dell'impero Romano fanno seguito le invasioni barbariche, la diminuzione della popolazione nella ormai poco sicura pianura veneta e le conseguenti minore manutenzione (delle strade e delle opere di arginatura e bonifica) e riconversione di ampie zone agricole in bosco o pascolo: così anche l'attuale territorio del Comune di Grantorto, che vede stravolto l'antico ed ordinato aspetto. Nuove popolazioni fondano insediamenti stabili: i Longobardi lasciano memoria della loro presenza in Val de Fara, posizione strategicamente apprezzabile. A fini difensivi viene innalzata la fortificazione di Canfriolo, ricordata nei documenti a partire dal XII secolo. Con il nuovo millennio la documentazione si fa più consistente: Canfriolo e Grantorto si trovano contese fra Padova e Vicenza, in un susseguirsi di alterne vicende che vedono il formarsi di un centro importante dal punto di vista civile e religioso, Carturo, sede della pieve matrice delle due chiese locali, rispettivamente dedicate ai Santi Biagio (Canfriolo) e Daniele (Grantorto), successivamente assorbite nell'unica parrocchia di Grantorto. Passato sotto il dominio padovano, Grantorto fu per lungo tempo controllato dalla doviziosa famiglia Negri, estintasi quando ormai l'intero entroterra veneto era divenuto territorio della Repubblica di Venezia. Il predominio locale fu quindi suddiviso fra differenti famiglie gentilizie, fatti salvi i diritti comunali: le torri di Canfriolo furono mantenute efficienti anche se i principali rappresentanti locali dell'autorità, i podestà avevano sede a Cittadella.

Nel lungo periodo di pace garantito dalla Serenissima si ricordano alcuni drammatici avvenimenti, alluvioni e ricorrenti crisi epidemiche, oltre ad una costante e positiva attenzione al rendimento agricolo ed al controllo delle acque, utilizzate per il trasporto del legname e l'irrigazione e sfruttate per l'azionamento di seghe e mulini. L'arrivo di Napoleone fu causa scatenante di una serie di avvicendamenti politici conclusisi con l'annessione del Veneto all'Austria, che lo governò dal 1815 al 1866, quando anche il Veneto aderì al Regno d'Italia. Le tragiche vicende legate alle due guerre mondiali furono fortemente risentite anche a livello locale; fortunatamente la volontà di ripresa fu costante: oggi Grantorto è un comune che sta modificando la propria economia dalla fortissima vocazione agricola in senso artigianale ed industriale