Ha origini romane e appartenne in epoca medioevale a una potente famiglia di discendenza longobarda, che annoverò tra i suoi membri il beato Bertrando da Ortega. Questa famiglia, che prese il nome dal luogo, conservò il territorio fino al 1228, anno in cui perse i propri privilegi feudali e la località entrò a far parte della podesteria di Cittadella. Il 24 settembre 899 si svolse nelle sue vicinanze uno storico combattimento tra gli ungari e Belisario e nel 1796 vide anche affrontarsi in battaglia l’esercito napoleonico con quello austriaco. Riguardo al patrimonio storico-architettonico l’elemento di maggior pregio dell’architettura sacra è la chiesa parrocchiale, dedicata a S. Maria e al Beato Bertrando, che presenta una facciata in stile classico, mentre all’interno custodisce due pregevoli dipinti attribuiti a Palma il Giovane e al Maganza; accanto sorge un campanile, la cui base è ritenuta un’antica torre. Tra gli edifici civili diverse sono le ville sparse su questo territorio, come Cà Viero, risalente al XVI secolo, che mostra una loggia riccamente affrescata, la settecentesca villa Borromeo, e soprattutto villa Cittadella, costruita nel XVIII secolo, che ospitò personaggi illustri della cultura, quali il poeta vicentino Giacomo Zanella e il grande filosofo Benedetto Croce.

Il territorio di Fontaniva appartiene, con certezza storica, alla centuriazione romana di Cittadella Bassano e quindi fu abitato fin dall'epoca romana.

Ne sono testimonianza i resti di piccoli insediamenti agricoli che sono emersi, dagli anni ottanta del secolo scorso ad oggi. Tali resti consistono in mattoni, tegole, coppi, pesi da telaio, parti di macine da cereali e parti di anfore rinvenuti in superficie durante le arature e conservati presso il locale Museo storico agricolo.

Nei primi anni del 2000 sono emersi resti archeologici, oggetto ancora di studio e di indagine, che fanno pensare ad insediamenti, nel territorio di Fontaniva, di epoca eneolitica (per ora i più antichi dell'Alta Padovana).

Il territorio di Fontaniva, dopo la caduta dell'Impero Romano, subì le invasione barbariche e venne, in particolare, fatto oggetto di insediamenti di genti longobarde, da cui ebbe origine una delle più antiche e potenti famiglie padovane, i Fontaniva, che presero il nome dal paese.

La famiglia Peraga discenderebbe proprio dai Fontaniva. La prima arma araldica dei Peraga era una roda zala in campo azuro (una ruota gialla in campo azzurro). Successivamente i Peraga usarono armi con diverse variazioni: o con tre ruote o con la presenza di un leone rampante (simbolo dei Fontaniva).

Fontaniva è una delle località interessate dalle vicende umane e storiche che si svolsero tra il XI secolo e il XIII secolo e dalle numerose proprietà che videro protagonisti i vari componenti della famiglia degli Ezzelini. Proprietà che furono certosinamente accertate, censite e documentate dopo la loro definitiva sconfitta avvenuta nel 1260.