La città, con la sua splendida cinta muraria, sorse nel 1220 per volontà del Comune di Padova.Da allora, gli elementi più caratteristici della cittadina furono proprio l'eccezionalità dell'anello murario e la posizione strategica, ricoperta nell'ambito del territorio padovano. Fin dall'età del bronzo risulta documentata la presenza dell'uomo nella zona in cui sorse CITTADELLA, mentre in epoca romana fu interessata da un importante agro centuriato, che aveva come decumano massimo la via Postumia, costruita nel 148 a .C. 

Dall'XI sec. si erano andate formando signorie rurali con una serie di minuscoli villaggi, costruiti attorno a pievi, come quella di S. Donato e abbazie, come S. Lucia di Brenta.
In epoca medievale, subito dopo la sua fondazione, CITTADELLA garantì al Comune di Padova una base dalla quale contrastare il potere dei signorotti rurali locali, quali l'aristocrazia del feudo di Onara e di Fontaniva.

Caduta in mano ad Ezzelino da Romano per un breve periodo, assunse un ruolo strategico nei confronti del territorio circostante nella seconda metà del Duecento, secolo in cui conobbe una notevole fioritura. Nel 1236 Padova concesse alla città la facoltà di dotarsi di propri Statuti.
Nel 1318 CITTADELLA passò sotto il dominio di Cangrande della Scala. Ritornò poi sotto Padova, allora signoria dei Da Carrara. Nel Trecento il ruolo di CITTADELLA crebbe ulteriormente e la Podesteria si allargò.

Nel 1405 CITTADELLA si dava spontaneamente a Venezia, ottenendo in cambio la facoltà di conservare i propri Statuti. Dal 1483 fu donata da Venezia a Roberto Sanseverino; i suoi successori la tennero fino al 1499, mentre per un anno, dal 1503 al 1504, fu data a Pandolfo Malatesta, a seguito dei patti giurati stretti tra Pandolfo e la Repubblica Veneziana.
L'anno 1508 vede la nascita della lega di Cambrai, contro Venezia. Il Malatesta, signore di CITTADELLA, passò allora allo schieramento nemico. Per questo motivo la cittadina fu più volte attaccata e saccheggiata dalle truppe imperiali. La pace veneziana verrà ripristinata solo nel 1516.

Dopo queste burrascose vicende, CITTADELLA conoscerà tre secoli di pace, interrotti nel 1797, quando le truppe napoleoniche si impossessarono di tutto il territorio appartenuto alla Repubblica di Venezia. CITTADELLA passò allora sotto il dipartimento del Bacchiglione e, per un certo tempo, addirittura sotto la provincia di Vicenza. Dal 1814 anche CITTADELLA conobbe la dominazione austriaca, terminata nel 1866, anno in cui venne finalmente annessa al Regno d'Italia.