Il più antico documento storico, nel quale compare il nome di Bovolenta, risale al 1027.

In questo scritto è citata la donazione di vasti terreni da parte di Litolfo di Carrara all'abbazia di Carrara Santo Stefano.

Ma l'origine di Bovolenta deve essere datata molti secoli prima; lo testimoniano i resti di acquedotto romano rinvenuti alcuni anni fa ed ora conservati nel giardino antistante la scuola elementare. Nel Medioevo lo sviluppo di Bovolenta ebbe impulso dalle opere di bonifica eseguite a sud di Padova, subito dopo il Mille.

L'importanza di Bovolenta nell' XI° secolo è testimoniata anche dal fatto che la sua chiesa compare come pieve dedicata a Sant'Agostino (1090 è l'anno della sua consacrazione).

Il maggior sviluppo della Bovolenta medioevale si ebbe attorno all'anno 1280, mentre un tracollo economico si ebbe sul finire del XIV° secolo, quando - nel 1388 - il castello di Bovolenta fu distrutto da una prima avanzata veneziana nel territorio padovano. Il castello stesso, ricostruito dai Carraresi ormai al declino, fu risparmiato nella seconda fase della guerra veneziana per la conquista di Padova.

L'importanza di poter disporre con sicurezza del castello di Bovolenta da parte di chi dominava su Padova si era del resto già messa in luce nella prima metà del secolo XIII°, sotto la non breve tirannide di Ezzelino da Romano.

Lo ricordo una puntuale annotazione di Pietro Gherardo, storico cinquecentesco, nel suo "Vita et gesti d' Ezelino III°". Il cronista definisce Bovolenta una "fortezza" proprio per la presenza del "ben munito castello".

Il castello fu poi ampliato dai veneziani, che lo adattarono a magazzino e centro di smistamento dei prodotti della zona, destinati a raggiungere la città di Venezia.

Ecco la descrizione che ne fa il Marin Sanudo, che lo vide nel 1483: "il castello di Bovolenta, villa bella adorna di molte case di Venetiani, è ben situato in sula ponta dove se scontra do fiumare... il castello quadro con una torre per canto... dentro son salle, camere et salle in volto, che va attorno; in mexo è una corte discoverta con una bona cisterna".

Nell'autunno del 1513 Bovolenta fu pesantemente saccheggiata dagli Spagnoli, che distrussero anche il suo castello. I Veneziani provvidero alla ricostruzione del paese, ma del castello di Bovolenta non rimase che il ricordo.

La peste, che nel 1530 colpì il Veneto, non risparmiò Bovolenta. Tanti furono i morti che si ricorse ad una fossa comune lungo lo scolo che fiancheggia la strada per Padova, proprio nel punto ancora oggi contrassegnato da una pesante croce di sasso. Gli scampati commissionarono per la chiesa i due dipinti raffiguranti l'uno la Caduta della manna e l'altro l'Ultima cena.

Particolare della carta geografica "Agri patavini chorographia B. Breddae recognita" del 1650 e attualmente conservata nel Museo civico di Padova
Nella seconda metà del XVIII° secolo Domenico Carrari fondò a Bovolenta un'industria di tessitura di notevole importanza per dimensioni, qualità dei tessuti prodotti (in particolare lino) e organizzazione aziendale. I manufatti più pregiati erano venduti non solamente a Venezia e Padova, ma anche negli stati confinanti alla Repubblica Serenissima, fino a raggiungere località allora lontane come Francia e Malta.

Nell' 800 si fermò l'attività dei Carraresi, non le conoscenze lavorative diffuse tra la popolazione impegnata nelle lavorazioni.

Queste conoscenze hanno trovato una sorta di continuità nello sviluppo del settore tessile, che si ebbe da allora fino ad oggi nella zona della Provincia di Padova compresa tra Monselice e Piove di Sacco.
Il territorio del comune di Bovolenta si compone di alcune frazioni e località storicamente interessanti: Fossaragna, Brusadure e San Lorenzo.

Il nome di Fossaragna risulta come "Fossa Auruni" in un atto di donazione, datato 21 agosto 1169, effettuato da Albertino da Baone a favore del monastero di San Michele di Candiana. Compare una seconda volta nella dizione "Fossaurarie" in un atto notarile di spartizione tra i figli di Albertino stesso, siglato il 23 maggio 1183. Il termine "uri" (bruciare) potrebbe, in questa seconda formulazione, indicare una terra da poco disboscata con il fuoco allo scopo di sottrarla all'incolto, mentre la prima dizione potrebbe far riferimento alla aratura.

Altra frazione di Bovolenta è Brusadure. Il toponimo indica con chiarezza la terra artificiale bruciata nella zona poco dopo l'anno Mille, allo scopo di procedere ad una più rapida trasformazione del bosco in terreno coltivabile.

L'origine della località di San Lorenzo è da far risalire all'aprile del 1401, data in cui Giovanna Zen, badessa del monastero di San Lorenzo a Venezia, aprì tra Bovolenta e Pontelongo un piccolo convento, dedicato allo stesso santo. La fondazione in campagna di aggregati religiosi aveva uno scopo politico, poiché assicurava una prima forma di penetrazione di Venezia nel territorio padovano.