Baone, il cui nome deriva probabilmente dalle feste in onore di Bacco che ivi si svolgevano in epoca pre-romana, è il capoluogo di un esteso comune che sorge sulle pendici orientali dei Colli Euganei a soli 3 Km  dall'antichissima Este, sulla cui area storica e culturale si innesta. Le origini del luogo sono documentate dal materiale archeologico rinvenuto in seguito a scavi eseguiti nel XIX secolo. In località chiamata Sacrà nel 1874 vennero alla luce frammenti di statue bronzee e ruderi di un imponente edificio, forse un tempio pagano, tra cui alcuni pezzi di cornicione finemente lavorati a foglie d'acanto. Nel 1887 si trovò un antichissimo giacimento contenente rottami di rozze stoviglie lavorate a mano, asce e manufatti litici che testimoniano la presenza di un centro abitato da popolazioni che vivevano in capanne intorno all'VIII secolo a.C..
Più numerosi invece sono i ritrovamenti di lapidi ed iscrizioni del periodo romano, durante il quale tutti i Colli Euganei vissero anni di grande splendore. Attualmente i reperti sono conservati nei Museo Civico di Este.

Dopo la caduta dell'Impero romano e dopo le numerose scorrerie barbariche che devastarono a più riprese i villaggi sparsi tra le colline, verso l'anno Mille è documentata la cessione di Baone come feudo da parte del vescovo di Padova al principe Azzo I marchese di Este, progenitore dell'omonimo casato degli Estensi che saranno poi Duchi di Ferrara, Modena e Reggio. Questi donò a sua volta il feudo verso il 1077 ai Conti Maltraversi di Padova, famiglia nota e assai potente "di legge longobarda"

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Nel 1192 Alberto da Baone, detto dal cronista Rolandino uomo famosissimo e potente, con atto notarile dette in pegno per un certo periodo ad Obizzo marchese d'Este il Castello di Baone e tutte le sue proprietà. Fu uno dei personaggi più ragguardevoli del suo tempo; per quanto riguarda Baone, sappiamo che per suo ordine furono sradicati tutti i boschi circostanti e piantata al loro posto una vite speciale portata dalla cosidetta Schiavonia - l'attuale ex-Jugoslavia -, esempio presto seguito da altri possidenti, un esempio che diede l'avvio alla produzione di squisiti vini grazie ai quali tutt'oggi sono famosi i Colli

Durante il Medioevo la signoria di da Baone regnò incontrastata con un susseguirsi di personaggi più o meno illustri, finchè nel 1294 il castello, che sorgeva in cima al colle sovrastante l'attuale paese venne distrutto da Ezzelino da Romano, che aveva conquistato in pochi anni Padova, Bassano, Treviso, Vicenza e molti territori seminando guerre e terrore.
Con la caduta dei conti di Baone e la fine della tirannia ezzeliniana, Baone divenne comune e come tutti i comuni rurali venne retto dai capi delle famiglie più importanti sotto la guida di un decano.

I marchesi di Este, primi feudatari di Baone, a parere dello storico Franceschetti fondarono l'antica Pieve di S. Fidenzio in cima al colle ove sorgeva il più antico abitato. Questa ipotesi pare avallata dal fatto che intorno all'anno 970 il vescovo di Padova Gauslino decretò il trasporto del corpo di San Fidenzio da Polverata a Megliadino, un piccolo centro del territorio estense. Temendo che i resti venissero rubati, il marchese Azzo I li fece custodire nel suo castello in cima al colle di Baone erigendo probabilmente per l'occasione la chiesa che dedicò al Santo.