Quando nd 568 i Longobardi, antico popolo germanico, scesero e conquistarono quasi tutta l'Alta Italia condotti dal loro re Alboino, questi divise le terre conquistate tra i più valorosi suoi capitani. La terra ove sorge ora Vigonza toccò ad uno di questi barbari che si chiamava Gunz o Gunzo, ed in antichissimi documenti si parla di un Guntius de Bascelega.

La radicale Vi è un'abbreviazione di Vigo. che come già dicemmo per Vigodarzere indicava il Vicus o piccolo borgo. Quindi coll'andar degli anni il borgo fondato da questo Gunzo, e che latinamente si sarà chiamato Vicius Guntius si è trasformato in Vigonza. Di uguale origine e forse per motivo di persone dello stesso nome, sono i paesi di Gonzo e Gonzoni nel Veronese.

Il toponimo  Vigoncia si ritrova per la prima volta in un atto notarile che attesta di un cospicuo dono matrimoniale,  la Cartula de morgincap  (dono del primo mattino di matrimonio) del  longobardo Giovanni del fu Martino di Piove di Sacco subito dopo il matrimonio avvenuto nel novembre del 999, alla fanciulla diletta e amatissima Giustina, figlia di Berengerio, abitante nel luogo di Vigonza (abitatrice in loco Vigoncia). 

Diversi sono i pareri e le interpretazioni sull’origine del nome . Il toponomastico Davide Olivieri sostiene che si possa riconoscere nella parola Vigonza il nome di una persona germanica Gunzo ”  e in tal caso il nome Vigonza potrebbe significare villaggio di Gunzo . Altra possibile origine del nome potrebbe essere legata alla posizione geografica del paese che si trova in una biforcazione  : chi veniva da Padova a Vigonza incontrava un bivio, una strada portava a Venezia, l’altra a Treviso. Il nome deriverebbe da Biguncia, ossia biforcazione