Pare che nel luogo ove sorge questa antica chiesa esistesse prima del 1200 un piccolo castello o fortezza in latino Arce, da cui e derivato il diminutivo Arcella, qualche cronista ritiene invece che ivi sorgesse un altare all'aperto, in latino Ara Coeli.
Di queste due opinioni la pili plausibile e la prima, ma con tutto ciò non si può accertare con precisione che cosa fosse quel sito prima del 1200.
Una vecchia cronaca narra che S. Francesco d'Assisi, reduce dall'Egitto sbarcasse a Venezia nel 1220 e venuto a Padova fondasse in quel luogo un piccolo monastero, in latino Arcta-cella o piccolo abituro.
Ora dell'antica chiesa non rimase più traccia, se non la cella ove mori S. Antonio il venerdì 13 giugno 1231. S. Antonio aveva abitato all'Arcella anche quattro anni prima nel 1227, quando eranvi cola i nostri concittadini Elena Enselmini e Luca Belludi poi beatificati e sepolti nella chiesa stessa.
II monastero servi d'alloggio nel 1509 all'Imperatore Massimiliano durante l'assedio di Padova, e poi fu distrutto dai suoi soldati assieme all'antica chiesa.
Vennero ricostituiti nel 1649 per benefico lascito del nobile Baldassare Dondi dall'Orologio, ampliata la chiesa nel 1792, ricostruita di nuovo nel 1942 e finalmente rifabbricata ed abbellita come trovasi attualmente. II nuovo bellissimo campanile venne inaugurato nel 1922.
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